Ngày 26 tháng 6 năm 1989, Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính phủ) đã ban hành Quyết định số 74/HĐBT thành lập huyện Thạnh Hoá trên cơ sở hợp nhất một phần của huyện Tân Thạnh và một phần của huyện Mộc Hoá, huyện có 09 xã và 01 thị trấn gồm: Tân Đông, Tân Tây, Thuỷ Đông, Thuỷ Tây, Thạnh Phú, Thạnh Phước, Tân Hiệp, Thuận Bình, Thuận Nghĩa Hoà và thị trấn Thạnh Hoá.

Ngày 15/5/2003, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 50/2003/NĐ-CP thành lập thêm xã Thạnh An được tách ra từ xã Thủy Tây. Xã Thạnh An chính thức đi vào hoạt động từ ngày 18/8/2003 cho đến nay.

Trong những năm đầu mới thành lập, Đảng bộ, chính quyền và nhân dân Xã Thạnh An phải đối mặt với nhiều khó khăn, thử thách (Xã nghèo trọng điểm của Tỉnh). Số diện tích ruộng đất đưa vào sản xuất còn rất ít (50% còn hoang hoá), hầu hết bị nhiễm phèn nặng, vừa thiếu các công trình thuỷ lợi nội đồng, vừa không có nguồn lực để đầu tư phát triển, nên các loại cây lương thực và hoa màu đều cho năng suất, chất lượng thấp, chỉ đảm bảo một phần cho nhu cầu tiêu thụ tại chỗ. Phần lớn hộ dân từ trong và ngoài tỉnh đến định cư lập nghiệp, hầu hết là hộ nghèo, vừa thiếu vốn và kinh nghiệm sản xuất. Gần như không có giao thông đường bộ chủ yếu đi lại bằng đường thuỷ với hệ thống kênh mương chưa được khai thông rất khó khăn cho việc đi lại của cán bộ và nhân dân. Trường học, trạm xá đều trong tình trạng tạm bợ, công trình cung cấp nước hợp vệ sinh hầu như không có. Không có các hoạt động tiểu thủ công nghiệp và thương mại-dịch vụ mà chỉ mua bán nhỏ lẻ, phân tán. Trong khi đó lũ lụt, hạn hán, cháy rừng thường xuyên xảy ra đã gây thiệt hại nặng nề về đời sống, vật chất, tinh thần của nhân dân. An ninh chính trị và trật tự xã hội còn diễn biến phức tạp. Đội ngũ cán bộ trong hệ thống chính trị được điều động từ nhiều nguồn khác nhau, hầu hết là người ngoài địa phương, vừa thiếu kinh nghiệm và yếu về chuyên môn nghiệp vụ, lại chưa được trang bị đầy đủ về cơ sở vật chất và phương tiện làm việc; các chính sách đãi ngộ, khuyến khích về vùng sâu, vùng xa công tác còn bất cập đã làm cho Xã gặp rất nhiều khó khăn trong việc thu hút đội ngũ cán bộ, từ đó làm ảnh hưởng không nhỏ đến chất lượng và hiệu quả hoạt động của hệ thống chính trị.

Tuy nhiên, bên cạnh những khó khăn, thử thách, Xã Thạnh An được Tỉnh, Huyện quan tâm đặc biệt hỗ trợ, đầu tư nhiều chương trình với nguồn vốn rất lớn như: Đầu tư Xã nghèo trọng điểm; đầu tư hệ thống kết cấu hạ tầng; chương trình sản xuất nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao gắn với tái cơ cấu ngành nông nghiệp; chương trình đào tạo ngườn nhân lực; Chương trình dân sinh vùng lũ; Chương trình mục tiêu Quốc Gia xây dựng Nông Thôn Mới… Trung ương, Tỉnh, Huyện ban hành nhiều chủ trương, chính sách phù hợp và kịp thời đã góp phần đánh thức tiềm năng và lợi thế của Xã. Từ sự tác động, chỉ đạo định hướng của Trung ương, Tỉnh, cộng với các chương trình, chính sách đầu tư, hỗ trợ, giúp đỡ, tạo điều kiện thuận lợi cho quá trình xây dựng, phát triển kinh tế - xã hội của Xã trong suốt 20 năm qua.